指紋識別與其它生物識別的不同點主要體現在以下幾個方面：
1、指紋識別的平均準確率高
理論上全世界沒有完全相同的兩枚指紋。但因為算法與采集設備的局限，指紋識別的失誤率目前約為百萬分之一。這在所有生物識別技術中，僅次于虹膜識別技術。由于虹膜識別的設備目前在市場比較少見，使用并不普遍，與指紋識別設備比較起來，約為其二十分之一的市場份額。所以指紋識別在實際使用中，仍是準確性最高的技術。準確性排在指紋識別之后的是臉形識別技術。
2、指紋采集設備成本較低
指紋采集設備的成本，在所有生物特征采集設備成本中不是最高的，也不是最低的。構成最簡單的指紋識別設備－指紋采集儀，其成本目前已經低至不到400元人民幣。這對于指紋識別技術的普及使用是一個可以接受并且有推動力的價格。采集設備成本最低的當屬臉形采集設備。一套最簡單的臉形采集設備，只需要一個30萬象素以上的數碼攝像頭，這在市場售價不過50元人民幣。采集設備成本最高應該算是虹膜、視網膜采集設備，其價格大約在兩萬元人民幣以上。
3、使用者的接受程度高
這主要體現在使用人對生物識別系統在健康和安全方面的考慮和擔憂不同。手指是人們日常生活和工作使用最頻繁的人體器官之一，與身體外界的物體直接接觸最多。而對虹膜和視網膜識別，因為眼睛的敏感性、重要性，以及脆弱性，人們在心理上比較難以接受外界設備的刺激，不管這種刺激是否在當時會帶來影響。所以讓人把眼睛對準一臺設備進行接受光線或者其它方式的照射和掃描，多少會有些被侵犯的感覺，除非是萬不得已，一般情況下不大愿意接受。所以，指紋和掌形、臉形識別一樣，屬于容易被人接受的一種生物識別方式。
4、能夠適應的應用場景不同
雖然指紋識別和其它基于生理特征的生物識別技術一樣，可以用于通道控制，但相對來說，指紋識別技術的應用場景更加廣泛。這是由其設備體積小所決定的。
這樣小的體積，可以使它被應用于小到手機、PDA上，大到指紋門禁門鎖上等各種電子類產品上。而掌形識別、虹膜識別，則幾乎無法與它比擬。同時因為指紋采集設備可以感知手指的不同動作，如手指移動方向、指紋單擊雙擊等，使它可以被用于替換部分需要手指操作控制面板，如筆記本電腦上的觸摸板、手機上的方向鍵等，甚至可以用不同手指表示不同的快捷操作鍵。另外，基于手指的數目相對臉形、虹膜、掌形等較多，可以實現非常有意義的邏輯組合控制。比如，對于非常重要的應用場合，可以使用多指認證、多指有序控制等，以實現更為安全的指紋認證。
5、產業化程度不同
在目前所有的生物識別技術中，指紋識別技術是產業化程度最高的。這不僅是因為指紋識別技術有著悠久的發展歷史和研究過程，同時，也因為指紋識別技術的可接受性促使了其被人們不斷的關注、研究、改進和產品化。全球來看，指紋識別占整個生物識別市場的將近50%的市場份額。有超過幾千家的指紋識別廠商生產數百種以上的指紋識別產品。而其它生物識別技術廠商不足其十分之一。
